基础医学部成立于2004年5月，现有专任教师33人，其中教授10人，副教授14人，助理教授9人；实验技术教师21人。现有福建省基础医学实验教学示范中心、福建省药学实验教学示范中心、福建省慢性肝病重点实验室、厦门市手型药物重点实验室等教学科研机构。拥有基础医学一级学科硕士点、生理学博士点及微生物学、生理学、药理学二级学科硕士点。

基础医学部始终按照厦门大学“创办世界知名的、高水平的研究型大学”的办学指导思想，结合医学院的“培养具有坚实医学基本理论、基本知识和基本技能，有较高的综合素质、较强的实践能力和一定科研基础的应用型医学人才”的培养目标，以医学学科建设为基础，积极推进基础医学教育发展，培养新时代医学人才，为健康中国做出我们的贡献！近五年承担国家自然科学基金15项，横向课题12项； 在《Small》、《Theranostics》、《Biomaterials》、《Proc Natl Acad Sci USA》等高水平期刊发表80多篇SCI论文。基础医学部以教学课程组、科研课题组为组织模式，实行以专任教师为核心的跨系部动态管理模式，承担临床医学、基础医学、口腔医学、中医学、护理学、药学、预防医学、检验医学等本科生和研究生的人才培养任务。现有人体解剖学、病理学、组织学与胚胎学、药理学、免疫学等多门福建省精品课程。基础医学部积极开展广泛的教学改革工作，采用 “器官系统整合式”教学模式以及“问题为基础的学习（PBL）”等新型教学方法，坚持临床医学“大医班”特色教学，培养具有博爱精神、高尚情操，学术扎实、科研创新能力突出的医学人才。

基础医学部不断加强教育教学改革，《临床医学专业卓越医生拔尖人才培养模式改革》获福建省教学改革立项、《PBL教学法促进医学遗传学课程思政实践教学的探索》获校级教改立项；《医学机能学实验教学改革与创新》获省级教学成果二等奖、《医学生物化学实验教学改革》获校级教学成果奖二等奖；13门课程获校级一流本科生课程立项，《医学免疫学》、《系统解剖学》获福建省课程与教材建设立项，在高等教育出版社、厦门大学出版社等国家一级出版社出版教材4部。近五年在“全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛”获一等奖1项、二等奖7项、三等奖4项等。